پس از بازگشت به ویلا عموی خود را از رم در آغاز قیام انجمن برادری حشاشین، Ezio به اتاق Codex ویلا می رود و به آنها می گوید که همه چیز اتفاق افتاده و آنچه مینروا گفته بود. یک روز بعد، ویلا توسط ارتش پاپ به رهبری Cesare Borgia، پسر پاپ و رهبر جدید سفار به دنبال حقیقت...
در این بین اتزیو متوجه میشود که همه چیز فقط به خاطر قدرت و پول نیست، بلکه همه چیز به خاطر یک جسم کروی به نام «قطعه بهشتی/ Piece Of Eden» است. توسط این قطعه میتوان تمام افراد را کنترل کرد و آنها را مجبور به اطاعت از خود کرد.
اتزیو در طی حدود ۲۳ سال به دنبال حقیقت...